Kendi kendini arıtma sistemi, çevre kirleticileri için belirli bir derecede kendi kendini arıtma ve emme kapasitesine sahip bir sistemi ifade eder. Tarımsal toprak, bitki ve mikroorganizmaların fiziksel, kimyasal ve biyolojik etkileri ile çevresel kirleticilerin çevresel kapasiteyi aşmayacak şekilde kendi kendine saflaştırıldığı agroekolojik bir komplekstir.